目前主要的微生态研究项目和组织有：美国人类微生物组计划（HMP）、欧盟肠道微生态研究计划（MetaHIT）、国际人类微生物组研究联盟（IHMC）、中国肠道微生态学组。肠道微生态的多样性以及随着微生态新型技术的不断进展，研究过程中出现了较多的问题：法律法规不健全，国内尚没有一部完整统一的生物样本信息资源库法规，没有统一的标准操作流程及质控体系，样本保存不全面或者保存单一（粪便、组织或血清），临床随访资料不全，平台共享差，基于样本库的相关研究反馈缺乏等。
 
肠道微生态研究现状
 
目前已有数千篇文章对肠道微生态进行研究，包括组成研究及功能研究。消化道内，已经展开微生物跟食管癌、胃食管反流病、胃炎、胃癌、大肠癌、IBS、IBD等疾病的相关研究。在消化道外，肠道微生态与肥胖、2型糖尿病、非酒精性脂肪肝、肿瘤化疗等方面的相关性已有深入探索。近期研究显示粪便移植（FMT）能成功治疗IBD和CDI，肠道微生态失调的患者可通过调整肠道微生态治疗疾病，也为我们进一步研究肠道微生态提供了“窗口”。
 
肠道微生态研究展望
 
建立包括细菌、真菌、病毒在内的基因组数据库，完整的肠道微生态生物学信息，包括转录组，蛋白质组，代谢组学数据；完善肠道微生态与人类肠内外疾病，与地理饮食等环境，与抗生素及化疗药物等的关系，深入研究粪便移植的转化医学方面的应用。
 
总之，我们要重视团队合作，强化消化临床及研究队伍，建立标准化的研究流程及技术，采取多中心合作或国际合作。同时，基于中国人群疾病特征及有益的饮食文化，临床与基础进一步密切合作，并加强国内外在微生态方面的合作研究。